Nhà xuất bản Trẻ đã in Ngồi khóc trên cây hai lần với tổng số 30.000 bản bìa mềm và 3.000 bản bìa cứng. Trong lần in đầu tiên, tác phẩm được in với số lượng hơn 20.000 bản, nhưng đã phải nhanh chóng tái bản lần một ngay từ khi chưa phát hành chính thức.[23][26][29] Điều này được ví như một hiện tượng rất hiếm hoi trong lĩnh vực xuất bản của Việt Nam nhiều năm trở lại đây.[30] Tuy nhiên kỷ lục đó về sau đã bị Chúc một ngày tốt lành, tác phẩm tiếp theo của Nguyễn Nhật Ánh, vượt xa với lượng bản in lên đến 50.000 bản.[31] Nhiều cửa hàng sách, các trang mạng mua bán sách trực tuyến đã đặt gần hết số lượng sách phát hành dù sách chưa được xuất hiện trên thị trường.[32] Ngồi khóc trên cây trở thành một trong những tác phẩm được đặt mua hàng đầu trên các trang web thương mại điện tử lớn như Tiki, Vinabook,[23] và đứng thứ Tư trong tốp 12 quyển sách Việt Nam bán chạy nhất năm 2013. Có hơn 8.000 độc giả tham gia cuộc thi "Nhìn hình minh họa đoán nội dung truyện" tổ chức trên mạng xã hội Facebook.[22] Quyển sách cũng được giới thiệu trong chuyên mục Mỗi ngày 1 cuốn sách phát sóng ngày 13 tháng 7 năm 2013 trên kênh VTV1 của Đài Truyền hình Việt Nam, qua lời khuyên đọc nhấn mạnh: "Với cuốn sách mới này, một lần nữa người đọc lại được Nguyễn Nhật Ánh tặng món quà quý giá: lòng tin rằng điều tốt có thật trên đời." Tính đến quý I năm 2015, Ngồi khóc trên cây đã trải qua mười lần tái bản.[33]